Voici un tutoriel pour GIMP.

Prenez une image en Noir et Blanc, ouvrez-la avec GIMP :

Tuturiel GIMP 01 - Image 01

Choisissez la couleur que vous voulez ajouter à votre zone :

Tuturiel GIMP 01 - Image 02

Dans mon exemple, je prends un joli rouge sang.

Tuturiel GIMP 01 - Image 03

Créez un nouveau calque, avec pour couleur de fond la couleur de Premier Plan que vous venez de choisir.

Tuturiel GIMP 01 - Image 04

Tuturiel GIMP 01 - Image 05

Toute votre image est recouverte de couleur ? C'est normal ! On va créer alors pour ce calque un masque de calque.
Clic droit sur le calque >> Ajouter un masque de calque. Choisissez Noir :

Tuturiel GIMP 01 - Image 06

Normalement, l'image de fond réapparaît.
Sélectionnez maintenant une couleur grisâtre comme couleur de Premier Plan (PP). Plus elle sera blanche, plus le contraste N&B/Couleur sera marqué.

Sélectionnez le masque de calque :

Tuturiel GIMP 01 - Image 07

Zoomez sur la partie qui vous intéresse, avec Shift+Molette par exemple.
Avec l'outil Lasso (sélection à main levée), dessinez le contour de la zone que vous voulez colorier :

Tuturiel GIMP 01 - Image 08

Astuce : Vous pouvez utiliser la touche Shift (Majuscule pour les anglophobes) pour ajouter votre sélection courante à la sélection précédente, ce qui vous permet de faire votre sélection globale par petits bouts, c'est bien plus facile.

Vous pouvez Adoucir votre sélection (Sélection >> Adoucir) de 1 ou 2 pixels (ou plus si la qualité de votre image est grande).

Sélectionnez l'outil Remplr :

Tuturiel GIMP 01 - Image 09

Remplissez votre sélection avec la couleur grisâtre, et hop ! La couleur apparaît !

Tuturiel GIMP 01 - Image 10

Vous pouvez jouer sur l'intensité avec la transparence du calque.
Vous pouvez aussi facilement changer la couleur, en remplissant le calque (pas le masque, hein !) avec une autre couleur !

Exemple :

Tuturiel GIMP 01 - Image 11